Jean-Ovide Decroly est né d’un père d’origine française et d’une mère renaisienne. Il fait des études de médecine à Gand où il est proclamé médecin en 1896, Il choisit comme spécialité l’anatomopathologie qui lui permettra de découvrir la médecine mentale. Il complète sa formation à Berlin et à Paris (hôpital de la Salpétrière et Sainte-Anne) et se spécialise en neuropsychiatrie.
En 1898, il est engagé à la Policlinique des Éperonniers, au centre de Bruxelles, en plein quartier populaire. Il y est responsable d’une consultation pour enfants troublés de la parole et prend conscience du délaissement de ces enfants qu’aucune institution ne peut accueillir.
En 1901, la Société de pédiatrie propose à Decroly de devenir médecin-chef d’une clinique-laboratoire pour enfants anormaux (Decroly dit « irréguliers » car il se refuse à parler d’anormaux ou de handicapés). Il accepte à condition que cette clinique s’ouvre dans sa propre maison car il veut pouvoir observer les enfants dans leur vie quotidienne. C’est ainsi que fut fondé l' »Institut d’enseignement spécial pour enfants des deux sexes ». Les enfants y vivent librement, sont éduqués avec les 3 enfants de Decroly. « Présent chaque jour, avec les enfants et effectuant des bilans chaque soir avec ses collaborateurs, il élabore, enrichit ses réflexions et les principes de sa pédagogie. Parallèlement il multiplie les fonctions liées à l’enfance irrégulière » (S.Wagnon,2009)
À partir de ce moment-là, la majeure partie du travail de Decroly porte sur des questions de pédagogie, soutenues par une approche scientifique de la psychologie de l’enfant.
Puis, à partir de 1907, avec la création de l’École Decroly, il élargit son action vers les enfants dits « normaux ».
En ce qui concerne sa vie privée, Ovide Decroly épousa Agnès Guisset, avec laquelle il aura trois enfants : Jeanne, Claude et Suzanne.
Decroly fut initié franc-maçon en 1902 par la loge « les Amis Philantrophes n°2 ». Il fut également membre actif de la loge « les amis de l’Union et Progrès » du Grand Orient de Belgique et de la loge « Vérité » de la Fédération belge du Droit Humain.